Selanjutnya, Jilid III buku ini, memfokuskan pembahasan pada institusi dan gerakan.  Bahasannya  meliputi beberapa kajian penting, yakni, sistem pendidikan pesantren, sistem pendidikan Islam, institusi hukum Islam, dinamika gerakan tarekat di Indonesia, ormas-ormas Islam, penerbitan dan perbukuan, gerakan politik Islam, lembaga agama yang didirikan negara, gerakan dakwah, gerakan Islam kampus, lembaga pemberdayaan masyarakat, gerakan ekonomi Islam dan sejarah perhajian di Indonesia.

Buku ini juga tersedia dalam versi online dan dapat diunduh melalui tautan berikut: http://pustaka.kebudayaan.kemdikbud.go.id/sejarah